@carlosala El servidor que uso NO está cifrado de forma nativa(en el servidor), pero es muy sencillo (nerd alert! ⚠️ ) hacerlo del lado del cliente. Tienes E2EE independiente del proveedor de nextcloud (o dropbox o gugle o lo que sea).
Herramientas como Sirikali (un ejemplo) o rclone ayudan.
Yo lo hago con #gocryptfs y sincronizando varios equipos para los ficheros realmente personales.